4C-seq（Circular Chromosome Conformation Capture Sequencing）是在3C技术的基础上发展而来的中高通量测序技术，通过选择特定区域作为锚点，捕获并测定其与整个基因组中其他片段之间的相互作用，在基因调控研究、基因组重塑研究、染色体断裂和重排研究以及疾病研究等领域具有广泛的应用价值。
应用场景
已知某个基因的启动子或者某个调控元件增强子，想知道这段DNA序列在与其它哪些区域产生互作。
实验原理
（1）3C模板制备：甲醛交联固定染色质构象、主限制性内切酶（RE1）酶切、连接、解交联、纯化后得到杂交片段（3C模板）。
（2）4C模板制备：通过次限制性内切酶（RE2）对3C模板进行二轮酶切、连接后得到环化4C模板。
（3）4C文库制备：使用两步法PCR建库，使用特殊设计的引物对环化产物进行反向PCR，进行第二轮PCR制备4C-seq文库，并进行NGS测序。
4C-seq实验流程图
分析内容
4C分析内容 | 备注 |
1.测序质量评估 | 捕获reads比例、有效互作对率、顺/反式互作分布等 |
2.显著互作分析 | 显著互作类型筛选、距离分布统计、Circos图、探针互作区域（BIR）关联基因GO/KEGG富集、Motif分析等 |
3.差异显著互作分析 | 差异显著互作位点Circos图、探针互作区域（BIR）关联基因GO/KEGG富集、Motif分析等 |
