转录因子（transcription factor, TF）是序列特异性DNA结合蛋白，可调节所有生物体中的基因表达，它们占全部物种所有蛋白编码基因的4~10%。
DAP-seq（DNA affinity purification sequencing，DNA亲和纯化测序）属于类ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）的体外实验。这是一种高通量的检测方法，使用体外表达的TF来接触裸露的gDNA片段以确定结合位点（峰）和序列基序。
应用场景
植物育种：帮助鉴定与重要农艺性状相关的转录因子及其靶基因，为分子育种提供理论依据。
疾病机制：用于鉴定与疾病相关的转录因子及其调控的基因，为疾病诊断和治疗提供新的靶点。
环境胁迫：用于研究生物体对环境胁迫（如干旱、高温等）的响应机制，揭示转录因子在环境适应中的作用。
基因调控网络：用于构建出转录因子与靶基因之间的调控网络，揭示基因表达调控的复杂机制。
实验原理
（1）对样本进行DNA提取，将基因组DNA打断成~200bp的片段，并加接头，制备DNA文库；
（2）构建含目的蛋白编码序列的表达载体，体外表达“Halo-目的蛋白”的融合蛋白；
（3）HaloTag-TF融合蛋白与DNA文库孵育，回收DNA，PCR扩增后完成二代建库。
DAP-seq实验流程图
分析内容
分析内容 | 备注 |
1.测序质量评估 | Clean Reads占比、碱基质量等 |
2.比对结果评估 | 比对率、TSS富集分析和Gene body富集等 |
3. Peak鉴定 | Peak富集、位置、基因注释和Peak序列的Motif富集等 |
4.分组Peak | TSS富集、Gene body富集；Peak富集、位置、基因注释；Peak序列的Motif富集 |
5.IGV可视化展示 | 目标区域信号可视化 |
