CUT&Tag
CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation），是研究蛋白-DNA互作的一大革新技术。该技术运用连接有刀豆蛋白的磁珠结合细胞膜或细胞核，通过抗体将Protein A-Tn5转座酶融合蛋白带到目标蛋白附近进行染色质切割，即可特异性的将目的蛋白附近的DNA片段直接连上接头并打断，进行高通量测序。
由于未对细胞核和染色质进行物理性的破坏，整个操作过程相当“温和”，因此CUT&Tag实验过程较简便，数据背景噪音低且重复性好，还可以应用到低细胞量样品。
应用场景
DNA组蛋白修饰研究：组蛋白甲基化、乙酰化及新组蛋白修饰（乳酸化、磷酸化等）；
转录调控与顺式元件研究：挖掘转录因子结合位点，联动转录组解析靶基因调控网络；
肿瘤表观与精准医学：比对癌旁组织表观差异，筛选致癌驱动元件与肿瘤治疗靶点；
免疫与炎症调控研究：刻画免疫细胞表观特征，解析免疫活化与炎症应答分子基础；
神经与发育生物学研究：绘制时空染色质动态，揭示胚胎与组织分化调控机制；
作物科学与植物育种：绘制染色质调控图谱，解析抗逆与优质性状形成机制。
实验原理
（1）利用连接有刀豆蛋白A的磁珠（concanavalin A-coated magnetic beads）结合细胞（刀豆蛋白A能与细胞膜或细胞核上的糖蛋白结合）；
（2）使用非离子去污剂洋地黄皂苷（digitonin）使细胞膜通透；
（3）加入目标蛋白的抗体（一抗）进行孵育（抗体能够通过细胞膜、核孔进入细胞核与目标蛋白结合）；
（4）加入二抗增强靶向结合能力；
（5）加入Protein A-Tn5（pA-Tn5）进行孵育（Protein A来自金黄色葡萄球菌的表面蛋白，可与抗体的Fc区（恒定区）特异性结合）；
（6）加入镁离子激活Tn5转座酶切割目标蛋白附近裸露的DNA，使目标蛋白和其结合的DNA序列从染色质上脱离下来并游离到细胞外；
（7）提取DNA，磁珠分选片段，进行PCR扩增完成文库建库，即可用于高通量测序。
CUT&Tag实验流程图
分析内容
分析分类 | 分析内容 | 备注 |
标准分析 | 1.测序数据质量评估 | Clean Reads占比、碱基质量等 |
2.比对结果评估 | 比对率、插入片段大小分布、TSS富集分析等 | |
3. Peak鉴定 | Peak富集、位置、基因注释；Peak序列的Motif富集等 | |
4.多样品可视化 | 信号在TSSS附近和Gene body区域的分布等 | |
5.组间位置差异Peak分析 | 寻找差异Peak、关联基因功能富集、Motif富集等 | |
6.组间信号差异Peak分析 | 差异开放区检测、关联基因功能富集、Motif富集等 |
