全长转录组测序是一种无需打断，直接从一条mRNA的5‘端帽子结构到3’端polyA尾进行完整测序的技术，可一次性获得单个转录本的完整序列。其核心优势是能直接获取完整的转录本序列，避免了拼接过程中因同源基因、重复序列等导致的嵌合体组装错误和结构模糊性，可精准解析全长可变剪接异构体、基因融合事件的完整断点序列、等位基因特异性表达的精确转录本，以及含有复杂重复序列的基因。
全长转录组目前主流技术主要包括 PacBio（PB）单分子实时测序和 Oxford Nanopore（ONT）纳米孔测序两类。两者均具备长读长优势，可直接获取完整转录本序列，无需拼接，但在准确率、通量、成本及适用场景上存在明显差异：PB全长转录组基于单分子实时测序，测序准确率高，数据质量稳定，但成本相对更高；ONT全长转录组基于纳米孔电信号测序，准确率略低于PB，但其成本更低、通量更高、实验流程更快。当研究需求强调高准确性，如基因组注释、可变剪接精准鉴定、新转录本验证等，优先选择 PB 技术；若需要低成本、快速检测、兼容降解样本或追求超长读长，则 ONT 更具优势。
