scRNA-seq（single cell RNA sequencing，单细胞转录组测序），对组织中的细胞进行分析，通过分析细胞间的异质性，在细胞图谱构建、细胞亚群鉴定、稀有细胞类型的筛选、疾病标志性致病基因以及干细胞发育分化等过程发挥重要作用。
应用场景
肿瘤异质性研究
神经系统发育研究
疾病分型及用药指导
环境胁迫研究
植物育种和抗性研究
发育分化研究
实验原理
10×Genomics单细胞转录组测序利用微流控技术，将带有序列标签的凝胶珠（Gel Bead）、样本和试剂预混液包裹在液滴中，形成GEMs（Gel Beads-in-emulsions）。在GEM中进行逆转录反应，构建cDNA文库并上机测序。
建库流程图
分析内容
分析分类 | 分析内容 | 备注 |
基础分析 | 1.细胞定量 | 识别有效的细胞、碱基质量、比对率等 |
2.细胞质控 | 空胞、多胞、凋亡细胞的过滤等 | |
3.细胞聚类 | 高变异基因筛选、批次矫正、降维聚类等 | |
4.细胞Cluster间差异分析 | 筛选差异基因 | |
5.富集分析 | GO、KEGG功能注释 | |
高级分析 | 1.细胞大类注释及亚型手动注释 | 分类tSNE图、分类UMAP图等 |
2.RNA速率分析 | ||
3.拟时序分析 | 细胞轨迹图 | |
4.细胞通讯分析 | ||
5.基于共表达分析转录因子活性 | ||
联合分析 | 与sc ATAC-seq联合分析 |
