真菌的基因组通常较大且复杂，传统的技术无法满足真菌全基因研究的大数据量需求，目前采用短读长、长读长测序联合组装的策略可实现真菌高级组装，某些项目可组装到接近完成图水平，为真菌的研究提供强有力的支撑，可用于预测真菌的重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究植物致病性真菌方面，可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因，并可用于研究与其近缘物种的进化关系，比较基因组研究等；在食用真菌和药用真菌的研究方面，可以用于发现真菌复杂的代谢途径，鉴定其对人有益的代谢产物，及物种进化关系的研究，比较基因组等；另外还可用于生物防治真菌的研究，工业酵母菌的研究等。
