Capture Hi-C技术是在Hi-C文库基础上针对目标区域（如启动子区、增强子区、性状相关SNP位点）设计探针进行捕获后测序，能够大幅减少无效数据量，相同测序成本下可显著提升目标区域的覆盖深度。
建库流程基于常规Hi-C，仅在获得的Hi-C文库基础上增加一步目标区域的捕获，该区域的数据信息会大幅增加，可以使原本微弱的互作信息足够放大，因此可对目标区域的互作进行更深入的分析。
应用场景
特定区域的loop及loop验证
与群体GWAS数据联合，解析SNP位点调控机制
绘制特定物种所有启动子的全基因组互作图谱
物种基因组大，传统Hi-C成本太高
融合基因的互作验证
实验原理
使用甲醛处理细胞，固定DNA的构象；
裂解细胞后，使用限制性内切酶酶切DNA，产生粘性末端；
DNA末端补平修复，并同时引入生物素，标记寡核苷酸末端；
使用DNA连接酶连接DNA片段；
蛋白酶消化解除交联状态，提取DNA并随机打断为300~400bp片段；
使用链酶亲和素磁珠捕获标记的DNA，进行二代建库测序；
将Hi-C文库与设计生产的探针进行杂交，捕获得到capture Hi-C文库；
对capture Hi-C文库进行高通量测序。
Capture Hi-C实验流程图
分析内容
CHIC分析内容 | 备注 |
1.测序质量评估 | 有效互作对率、顺/反式互作分布等 |
2.显著互作分析 | 显著互作类型筛选、距离分布统计、Circos图、探针互作区域（BIR）关联基因GO/KEGG富集、Motif分析等 |
3.差异显著互作分析 | 差异显著互作位点Circos图、探针互作区域（BIR）关联基因GO/KEGG富集、Motif分析等 |
