在胚胎发育、细胞分化和组织形成等复杂生命活动过程中，细胞呈现出高度异质性的染色质动态调控变化。传统Bulk Hi-C技术受限于“混合平均”效应，无法解析这种结构异质性，也难以建立特定细胞类型中空间基因组与基因表达之间的因果关系。由于稀有细胞群（如肿瘤干细胞、早期胚胎细胞）的信号易被掩盖，关键调控机制往往因此“失真”。
针对这一瓶颈，scHi-C（高通量微流控单细胞染色质构象捕获技术）将Hi-C与单细胞平台深度融合，可在单次实验中捕获数万个单细胞的高分辨率染色质高级结构，显著缩减实验周期和建库成本。该技术能够在单细胞分辨率下，精准识别发育、分化及疾病进程中的染色质空间折叠异质性与细胞类型特异性特征，为揭示三维基因组在发育与疾病中的时空调控规律提供了关键的方法学基础。
实验原理
高通量单细胞Hi-C技术将交联的细胞核，经过Hi-C实验流程处理后，再进行Tn5转座酶反应将染色质片段化，随后通过液滴微流控平台为单细胞加上独一无二的细胞标签，回收产物后经过扩增即可完成建库。
单细胞Hi-C实验流程图
分析内容
分析分类 | 分析内容 |
基础分析 | 1.细胞定量及质控 |
2.UMAP降维可视化 | |
高级分析 | 3.细胞cluster注释（需要scRNA数据） |
4.细胞cluster互作热图 | |
5.cluster A/B compartments分析 | |
6.cluster TAD结构域分析 | |
7.cluster loop互作分析 | |
8.cluster间的差异富集分析 | |
联合分析 | 与scATAC、scRNA-seq联合分析 |
