高通量组学数据爆发式增长,当前同一个物种的不同组学数据(基因组、表观组、转录组、重测序、蛋白组、代谢组....)散落在不同平台和文献中,缺乏统一存储标准和数据集合,导致科研人员很难快速获取和整合数据。构建一个全面的集中存储和分析的多组学数据库,通过标准化整合海量数据资源,提供便捷的访问接口和分析工具,为研究者提供一站式的数据获取与深度挖掘平台,能够极大地加速从数据到新发现的科研进程。
数据库组成:
臻阅生物提供专业的数据库搭建服务六大主要模块:Home、Data、JBrowse、Tools、Download、About
▶️数据来源:多组学(基因组、变异、转录、表观、蛋白、代谢等)实验数据和公共数据。
▶️数据检索:物种、样本数据类型、基因名、坐标、序列、功能注释、数据结果等搜索查询。
▶️数据下载:提供多种格式(FASTA、BED、CSV等)数据下载。
▶️分析工具:JBrowse2 和 BLAST+ 比对,调控网络分析,GO和KEGG功能富集等。
▶️可视化:基因组浏览器可展示基因结构、变异位点、基因序列、转座元件等。▶️技术架构:数据库管理系统(MySQL、MongoDB),BioPython数据标准化。前端(HTML/CSS/JavaScript)和后端(Python Flask/java);D3.js可视化。
技术框架:
