CHIP-seq测序（Chromatin ImmunoPrecipitation and high-throughput Sequencing），是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术。通过目的蛋白特异性抗体，将带有特定修饰的蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该目标蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序，即可获得该蛋白在染色体上的分布情况。
应用场景
转录因子结合位点鉴定：鉴定转录因子与基因组上的结合位点，揭示转录因子对基因调控的作用；
组蛋白修饰分析：检测不同组蛋白修饰在基因组上的分布，如甲基化、乙酰化等，揭示染色质状态和基因表达的调控；
基因调控网络研究：构建基因调控网络，找出转录因子和其他调控因子与靶基因的相互作用关系；
疾病研究：研究特定蛋白质在疾病发生和发展中的作用，如癌症等；
药物靶点发现：鉴定新的药物靶点，为药物研发提供新的目标。
实验原理
（1）细胞内DNA与蛋白质交联（Crosslink）后，裂解细胞；
（2）通过超声处理将染色质片段化；
（3）抗体与抗原（目标蛋白）特异性识别，进行免疫共沉淀；
（4）纯化DNA，二代建库并测序。
CHIP-seq实验流程图
分析内容
分析分类 | 分析内容 | 备注 |
标准分析 | 1.测序数据质量评估 | Clean Reads占比、碱基质量等 |
2.比对结果评估 | 比对率、插入片段大小分布、TSS富集分析等 | |
3. Peak鉴定 | Peak富集、位置、基因注释；Peak序列的Motif富集等 | |
4.多样品可视化 | 信号在TSSS附近和Gene body区域的分布等 | |
5.组间位置差异Peak分析 | 寻找差异Peak、关联基因功能富集、Motif富集等 | |
6.组间信号差异Peak分析 | 组间差异开放区域检测、关联基因功能富集、Motif富集等 |
