单细胞ATAC-seq基于液滴微流体平台，对成千上万个单细胞中Tn5转座酶可接近的染色质区域进行测序并分析的一种表观遗传学研究技术。
scATAC-seq是在单细胞水平下研究表观机制，不仅可以研究细胞异质性，也能研究细胞转录调控机制。
应用场景
发育生物学：追踪胚胎发育、器官形成过程中，细胞命运决定的动态调控图谱
肿瘤与免疫研究：揭示染色质状态决定的细胞功能障碍
生殖与遗传研究：研究表观遗传重编程
应激胁迫研究：发现稀有“耐受细胞”亚群，解析表观遗传基础
植物育种：揭示作物驯化过程中的顺式调控元件（CRE）的进化改变
跨物种比较：识别出进化上保守的核心调控网络和物种特异的调控元件
实验原理
DNBelab C系列高通量单细胞ATAC是基于液滴微流控技术，通过高效的捕获磁珠以及单细胞ATAC文库制备试剂盒，快速将单细胞核悬液制备成适用于DNBSEQ系列测序平台的文库。
分析内容
分析分类 | 分析内容 | 备注 |
基础分析 | 1.细胞定量 | 识别有效的细胞、碱基质量、比对率等 |
2.细胞质控 | 空胞、多胞、凋亡细胞的过滤等 | |
3.细胞降维聚类 | Umap可视化等 | |
4.细胞Cluster差异分析 | 计算基因评分、Track图、GO/KEGG功能富集等 | |
5.Peak鉴定 | 细胞cluster内Peak鉴定、筛选细胞cluster差异Peak和Motif富集 | |
高级分析 | 1.可及性转化为基因活性矩阵辅助细胞注释 | 不能直接作为scRNA的细胞注释结果 |
2.细胞亚型注释 | 分类tSNE图、分类UMAP图等 | |
3.RNA速率分析 | ||
4.拟时序分析 | 细胞轨迹图 | |
5.细胞通讯分析 | ||
联合分析 | 与sc(n) RNA-seq联合分析 |
