MeRIP-seq（Methylated RNA Immunoprecipitation Sequencing，甲基化RNA免疫沉淀结合高通量测序），是将m6A特异性抗体免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术，可在全转录组范围内检测发生m6A甲基化修饰的RNA区域，是在转录组层面研究细胞内mRNA以及lncRNA的m6A修饰的技术。
m6A（N6-甲基腺嘌呤）是真核生物RNA上丰度最高的修饰类型，在调控基因表达、RNA剪接、RNA稳定性、翻译效率、RNA出核转运等生物学过程中发挥关键作用。
应用场景
肿瘤研究：癌症发生发展机制、耐药性、肿瘤标志物筛选；
发育生物学：胚胎发育、细胞分化、生殖发育中的m6A调控；
植物研究：胁迫响应、生长发育、果实成熟等生物学功能；
疾病机制：神经退行性疾病、代谢性疾病、心血管疾病；
干细胞与再生：干细胞干性维持、分化方向决定。
实验原理
（1）mRNA提取：利用polyA尾捕获样本中的mRNA；
（2）mRNA片段化：超声处理，mRNA片段化；
（3）INPUT实验：取部分片段化后的mRNA，作为INPUT组；
（4）MeRIP组：用偶联m6A抗体的磁珠与片段化的RNA孵育捕获RNA片段；
（5）INPUT和IP组二代建库、测序。
图1. m6A对RNA的转录后调控
图2.建库流程图
分析内容
分析内容 | 备注 |
1.测序质量评估 | Clean Reads占比、碱基质量等 |
2.比对结果评估 | 比对率等 |
3.Peak鉴定 | Peak位置分布、Peak关联基因注释、Peak的motif分析等 |
4.MeRIP-seq信号局部展示 | 可视化展示 |
5.组间差异Peak分析 | 寻找差异Peak、关联基因功能富集、Motif富集等 |
