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Q1:4C-seq能检测到远距离(>5Mb)或不同染色体间的相互作用吗?

理论上可以,但非常困难且重现性低。由于基因组三维空间距离的影响,远距离顺式(>5Mb)和反式(不同染色体)的互作频率低,数据往往过于稀疏,导致无法被可靠检测。4C-seq一般检测1Mb内的顺式互作。此外,其实验难度高于Hi-C,通常更建议使用Capture Hi-C来解决4C的问题。

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