细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后从头组装。步骤为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量范围的片段，根据不同的测序策略，构建对应大小文库，然后进行大规模测序。最终的组装水平根据研究的需要和细菌本身的特点而定，其中最高的指标是一条contig，即基因组的完整序列。
在组装的基础上，进行基因组组分分析，功能注释等分析，推测ORF是否为真实蛋白编码序列，检查功能位点，分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能，细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制，关键功能基因的重要工具。可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面，可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等；在研究细菌进化方面，可以研究种内进化关系。
