案例一：ATAC-seq助力构建玉米多组织染色质可及性图谱，揭示物种形成与驯化的关键调控位点
研究成果：2025年3月，在Nature Communications（IF=14.7）上发表了题为“Constraint of accessible chromatins maps regulatory loci involved in maize speciation and domestication”的研究论文。作者利用ATAC-seq对12种主要玉米组织进行染色质可及性分析，构建多组织图谱，识别染色质可及区域（ACRs），并进行功能注释和进化约束分析。其次，通过比较基因组学方法，在34种禾本科物种和4个外群中追溯ACRs的进化轨迹。此外，利用ChIA-PET（染色质相互作用分析配对末端标签测序）数据确定ACRs调控的基因，并结合GWAS（全基因组关联研究）数据，分析ACRs与复杂性状相关的SNPs（单核苷酸多态性）的富集情况。此外，证明了可接近染色质在维持亚基因组优势和控制复杂性状变异中的重要性。为植物调控元件的进化分析提供了新框架，并为下游玉米育种的探索和应用提供了候选位点。
案例二：ATAC+RNA技术揭示患源性肿瘤模型中的染色质重编程及其对肿瘤生长和药物敏感性的影响
研究成果：2024年2月，在Advanced Science（IF=15.1）上发表了题为“Chromatin Remodeling in Patient-Derived Colorectal Cancer Models”的研究论文。作者以结直肠癌患者肿瘤（PT）、患者源类器官（PDO）、患者源异种移植物（PDX）及PDO衍生小鼠异种移植模型（PDOX）为材料，联合ATAC-seq与RNA-seq，系统分析了不同肿瘤模型中的染色质可及性变化。研究发现，PDO与PDX/PDOX模型中存在不同的染色质重塑模式，首次提出“两轴重塑模型”，证实生长环境是染色质适应性变化的关键驱动因素。进一步鉴定出差异富集的转录因子（KLF14、EGR2）及其下游靶基因EPHA4，验证了其对肿瘤生长和MEK抑制剂敏感性的调控作用。该研究揭示了不同患者来源肿瘤模型的表观遗传差异及其对治疗响应预测的意义，为肿瘤模型在癌症治疗中的合理应用提供了理论依据。
案例三：ATAC+RNA+DAP技术揭示辣椒耐涝调控机制并鉴定关键转录因子CaMYB96
研究成果：2026年3月，在Journal of Agricultural and Food Chemistry（IF=6.2）上发表了题为“ATAC-Seq and Transcriptomics Reveal Mechanisms of Waterlogging Tolerance and Identify CaMYB96 as a Key Positive Regulator in Chili Pepper (Capsicum annuum Var. conoides)”的研究论文。该研究使用ATAC-seq与RNA-seq技术解析辣椒耐涝性的转录调控机制，筛选出MYB家族转录因子CaMYB96作为关键的耐涝正调控因子，进一步使用DAP-seq（DNA亲和纯化测序）鉴定出下游靶基因CaTIFY5A，并进行了功能验证。该转录因子通过激活下游基因，提升纤维素酶、可溶性蛋白和抗氧化剂水平，从而增强植株的耐涝性。该研究为辣椒耐涝品种选育提供了关键基因资源和分子标记，也为其他作物抗逆性研究提供了重要参考。
