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案例一  通过BSA-Seq和RNA-Seq方法揭示影响谷子株高相关的分子途径和基因

Conuping BSA-Seq and RNA-Seq Reveal the Molecular Pathway and Genes Associated with the Plant Height of Foxtail Millet (Setaria italica)

研究材料:谷子两个亲本,子代30个高株和30个矮株

研究组学:BSA-seq(亲本10x,子代50x),RNA-seq(亲本)

研究亮点:通过BSA-Seq和RNA-Seq方法揭示影响谷子株高相关的分子途径和基因

主要结果:

利用BSA-Seq方法获得了5个与谷子株高形成相关的QTL和128个候选基因。

通过RNA-Seq分析,共鉴定到2817个与株高相关的基因,确定了MAPK信号转导途径和代谢途径对谷子株高的形成有重要影响。

通过BSA-Seq和RNA-Seq的联合分析,最终将QTL进一步缩小到IX号染色体和I号染色体顶端的两个区域,并确定了9个候选基因。

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案例  利用BSA-Seq方法定位一个水稻早衰相关基因OsBRCA1

Mapping of Early Senescence-related OsBRCA1 in Rice by BSA-seq Technique

研究材料:水稻早衰突变体w14,与日本晴杂交构建F2分离群体,并在群体中各选择100个隐性单株和显性单株

研究组学:BSA-seq

研究亮点:定位一个水稻早衰相关基因OsBRCA1

主要结果:突变体w14的早衰表型受单隐性基因控制,对两个DNA池测序结果进行单基因定位和突变基因的鉴定,发现单基因主峰位于Chr3,候选区间为 Chr3:27.5~29.5 Mb,进一步在目标区域内找到2个符合条件的候选因果变异。

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