案例一：DAP+RNA技术助力揭示热激转录因子OsHsfc1a-OsMFT1模块调控水稻耐热性的机制
研究成果：2026年3月，Plant Biotechnology Journal（IF=10.5）上发表题为“Heat Shock Transcription Factor OsHsfc1a Enhances Rice Seedling Thermotolerance by Regulating OsMFT1 and Preserving Chloroplast Structure Under Heat Stress”的研究文章。研究发现，高温能强烈诱导转录因子OsHsfc1a的表达。在高温胁迫下，高表达OsHsfc1a的水稻植株表现出更强的耐热性，而敲除该基因的突变体则对高温异常敏感。为解析OsHsfc1a的调控机制，作者对其进行了DAP-seq，揭示了OsHsfc1a与OsMFT1之间的转录调控关系，发现OsHsfc1a扮演的是一个“抑制子”的角色，它通过直接结合OsMFT1的启动子区域来抑制其转录。当敲除OsHsfc1a时，解除抑制的OsMFT1表达水平升高会加剧叶绿体损伤和细胞死亡，降低水稻的耐热性。结合RNA-seq发现，OsHsfc1a和OsMFT1调控的基因模块涉及到多个与叶绿体结构和ROS调控相关的基因，这些基因的表达变化与水稻的耐热性密切相关。
案例二：DAP+RNA+CHIP等多组学技术揭示香蕉果实软化的分子机制
研究成果：2024年12月，在The Plant Cell（IF=11.6）上发表题为“The MaNAP1-MaMADS1 transcription factor module mediates ethylene-regulated peel softening and ripening in banana”的研究文章。首先，该研究通过转录组分析锁定乙烯处理下显著上调的转录因子MaNAP1与MaMADS1；进而利用DAP-seq和CHIP-seq技术，在全基因组范围内鉴定出MaNAP1和MaMADS1直接结合的靶基因，主要包括细胞壁降解相关基因及乙烯合成基因，并证实上游转录因子MaEIN3可直接结合并激活MaNAP1与MaMADS1的表达。同时，表观组学分析（ChIP-seq结合DNase-seq）揭示了乙烯诱导的染色质可及性变化及组蛋白修饰（H3K4me3/H3K27me3重编程）对于该转录模块启动的关键作用。通过瞬时过表达与沉默实验验证了上述基因的功能，最终构建出“乙烯-MaEIN3-MaNAP1/MaMADS1”这一多层级核心调控通路，明确了其通过激活下游细胞壁降解基因从而驱动香蕉果皮软化的完整信号传导网络。
案例三：DAP+scRNA绘制玉米胚乳TF家族的调控图谱
研究成果：2024年1月，Nature Communications（IF=15.7）上发表题为“Decoding the gene regulatory network of endosperm differentiation in maize”的研究文章。该研究通过获取授粉后6-7天的17,022个玉米胚乳细胞的单细胞转录组数据，鉴定到12个细胞群对应5种胚乳细胞类型，运用DAP-seq技术，对来自24个转录因子家族的161个TF的全基因组DNA结合位点进行鉴定，构建了高可靠度的胚乳基因调控网络。进一步通过该网络，成功预测并实验验证了多个细胞类型特异的关键调控因子，为改造玉米粒重等育种应用提供了重要的线索。
