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案例一  棕熊的全基因组重测序揭示了种内差异的驱动因素

Range-wide whole-genome resequencing of the brown bear reveals drivers of intraspecies divergence

研究材料:涵盖整个物种范围的128只棕熊个体

研究组学: GWAS(Illumina平台)

研究亮点:利用涵盖128个核基因组的全范围重测序数据集,重新评估了经典冰后再定殖模式物种棕熊(Ursus arctos)的系统地理分布模式。

主要结果:

基于多物种合并的分析显示,线粒体DNA单倍型在远方种群间的共享,如伊比利亚熊与南斯堪的纳维亚熊之间,很可能源于不完整的谱系分选,而非祖先种群结构(即冰后再殖民)。

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案例  产量和品质性状的差异选择塑造了豇豆驯化和改良的基因组特征

Differential selection of yield and quality traits has shaped genomic signatures of cowpea domestication and improvement

研究材料:粮用豇豆和菜用豇豆

研究组学: Illumina; PacBio HiFi; Hi-C

研究亮点:通过三代PacBio HiFi数据成功构建了1个粮用豇豆和1个菜用豇豆的高质量基因组,并对全世界收集的344份核心种质进行重测序,揭示了豇豆驯化和改良的基因组选择印迹,阐明了豇豆产量和品质协同提升的遗传机制。

主要结果:

报告了粮用豇豆和菜用豇豆的两个高质量基因组组装,并对344个核心种质进行了重测序,以描述基因组变异景观。研究人员确定了十个重要农艺性状的39个基因位点,以及在豇豆驯化和改良过程中经过选择的超过541个潜在基因位点。特别是,在从粮用豇豆到菜用豇豆的驯化过程中,豆荚破碎位点及其邻近胁迫相关位点的同步选择,可能导致了豆荚破碎抗性的增强和胁迫抗性的降低。

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