案例一：首个高通量微流控单细胞Hi-C技术
研究成果：2024年10月，在Nature Biotechnology（IF=41.7）上发表题为“Droplet Hi-C enables scalable, single-cell profiling of chromatin architecture in heterogeneous tissues”的高分研究文章。这是首个将染色质构象捕获技术与商业化的液滴微流控平台相结合而开发出的全新高通量单细胞Hi-C技术——Droplet Hi-C。基于染色质结构的聚类分析能够精确区分混合样本中不同的细胞类群，研究团队发现细胞类型特异性染色质高级结构与表观遗传修饰及基因表达紧密相关。该技术还能在单细胞层面检测到基因组拷贝数变异及常见的染色质结构变异，特别是能检测到染色体外环状DNA（ecDNA）。通过结合拷贝数、染色体互作分布等多种特征，团队训练了基于卷积神经网络的ecDNA预测模型（ecDNA caller），能有效区分单细胞内ecDNA与其染色体上的同源区域，揭示了胶质母细胞瘤对EGFR抑制剂的耐药性产生过程中ecDNA的单细胞群体分布与结构动态变化。
案例二：单细胞Hi-C助力构建小鼠大脑皮层的单细胞三维基因组衰老图谱
研究成果：2025年1月，在Cell Discovery（IF=12.5）上发表题为“Droplet-based high-throughput 3D genome structure mapping of single cells with simultaneous transcriptomics”的研究文章。该研究同样开发了基于微流控系统的高通量单细胞Hi-C技术（Droplet-based single-cell Hi-C，dscHi-C），并利用dscHi-C对小鼠大脑皮层的三个发育阶段（年轻，中年，老年）进行取样，构建了小鼠大脑皮层的单细胞三维基因组衰老图谱。发现在神经元和胶质细胞中染色质都表现出区室化变弱，并且伴随着长程相互作用和染色体间互作的增加，神经元区室变化的基因富集在感官和信息素感知及DNA甲基化代谢通路，而胶质细胞区室变化的基因显著富集在先天免疫反应通路。在神经元中TAD结构在衰老过程中增强，老年小鼠特异的新发边界显著富集于轴突导向等神经元形态发生相关通路。
