案例一 棉属进化过程中的基因组创新和调控重构
Genomic innovation and regulatory rewiring during evolution of the cotton genus Gossypium (Nature Genetics, 202210, IF:30.8)
研究对象:
7个代表性二倍体野生棉种和3个A基因组类型的棉花
研究方法：
构建了这10个品种的泛基因组，对包含所有核型的8个品种进行了Hi-C、ATAC-seq和RNA-Seq，构建了高分辨率的全基因组染色质相互作用图谱
研究结果：
通过泛3D基因组揭示了转座子驱动的基因组大小变异与更高阶染色质结构重组以及染色质互作网络重组之间的进化联系。
研究将染色质结构的变化与棉花纤维的表型差异联系起来，并识别了解码纤维长度遗传基础的调控变异。
研究展示了如何利用泛基因组、泛3D基因组和遗传调控数据作为资源，来揭示可纺棉纤维的进化基础。该工作为理解基因组组织和调控的进化提供了洞见，并将通过使能基于调控组的方法来促进棉花的改良。
案例二 泛3D基因组分析揭示了大豆基因组的结构和功能分化
Pan-3D genome analysis reveals structural and functional differentiation of soybean genomes （Genome Biology, 202301, IF:12.3）
研究对象:
包含野生种、地方品种和现代栽培品种的27个大豆品种
研究方法：
Hi-C、RNA-seq
研究结果：
研究了大豆品种间TAD的动态变化，以ZH13作为参考品种与其他26个品种进行比较性三维基因组分析。
在26个品种中，平均有58.84％的边界与参考品种的边界相同，而在参考品种中，平均有63.97％的边界与查询品种的边界相同。
研究了三维基因组变异对基因表达的影响，在大豆的驯化和改良过程中，三维基因组结构变异也可能起着重要作用。
