案例一 黄颡鱼性染色体进化及性逆转中的3D重塑
Origin and chromatin remodelling of young X/Y sex chromosomes in catfish with sexual plasticity（National Science Review，2022，IF：23.18）
研究材料：黄颡鱼（XX雌性、XY雄性、YY超雄性、XX伪雄性）
研究组学：基因组测序（PacBio+Hi-C）、Hi-C互作、RNA-seq、WGS
研究亮点：性染色体组装、性染色体的起源进化、染色质重塑在鱼类性别可塑性中的作用
主要结果：对YY超雄和XX雌性做基因组组装，并组装了Y和X染色体。黄颡鱼的性染色体很可能来源于两个常染色体的融合。性别逆转可能导致XX伪雄性的X染色体发生染色质重塑，并与YY超雄性的Y染色体相似。
案例二 异源四倍体巨菌草基因组近完成图解析其基因组演化和高光效机制
A near complete allotetrapolyploid genome provides insight into the evolution and C4 photosynthesis characteristics of Cenchrus fungigraminus （Plant Communications，2023.6）
主要结果：结合PacBio HiFi和Hi-C测序技术，组装获得高质量、接近完整的巨菌草基因。该基因组大小约为1.99Gb，contig N50达到134Mb，挂载的14条染色体仅存在13个gap；并注释到24个端粒和所有着丝粒结构,其中8条染色体达到“T2T”无缝水平，3染色体仅1个缝隙。研究还确定了巨菌草是异源四倍体，并通过重复序列分析出A、B两个亚基因组。该组装代表着当前黍族基因组的最高水平。
案例三 广东桑基因组+425份桑树重测序GWAS揭示广东桑驯化、扩张和性状改良的遗传基础
Genomic Resequencing Unravels the Genetic Basis of Domestication, Expansion, and Trait Improvement in Morus atropurpurea（Advanced Science（IF=17.5），2023.6）
主要结果：利用PacBio和Nanopore两种测序方法破译了广东桑雌株和雄株基因组，基因组完整性达96%以上。同时基于425份桑树种质资源重测序数据，阐明了中国主要栽培桑树的系统分类、群体演化和驯化历史。进一步利用GWAS和选择性清除分析鉴定了控制桑树开花时间、叶片大小以及性别相关的基因组变异位点，为桑树育种改良提供了重要遗传基础。
