案例一 对地中海盆地热点集合的全基因组扫描为橄榄树生物多样性和生物学提供了新的见解
Whole genome scanning of a Mediterranean basin hotspot collection provides new insights into olive tree biodiversity and biology
研究材料：地中海盆地的 89 种橄榄树
研究组学： Illumina (28×)
研究亮点：依托发源于整个地中海盆地的89个橄榄树基因型，开发了迄今为止的最完整的基因组变异图谱和最全面的分子变异目录。
主要结果：
研究了橄榄树驯化的潜在起源或路线。通过选择压力分析发现橄榄油质量和果实产量在内的与关键农艺性状相关的几个候选基因处于选择压力下。对23个形态性状和两个农艺性状进行了全基因组关联分析，检测到8个性状显著关联。
案例二 野生蔷薇属植物的表型与基因组特征为现代玫瑰育种开辟新视野
Phenotypic and genomic signatures across wild Rosa species open new horizons for modern rose breeding
研究材料：215份蔷薇属样本
研究组学： 基因组测序（PacBio+Hi-C）、Hi-C互作、RNA-seq、Illumina
研究亮点：通过对215份蔷薇属样本进行全基因组重测序与群体分析，探究了蔷薇属内部的系统发育关系，并揭示中国西北与西南为两个独立的多样性中心，基于全基因组选择和关联分析对多个不同性状的关键候选基因进行鉴定。
主要结果：
基于 215 份材料重测序数据的 PCA 结果显示，第一主成分（PC1，51.1%）明显把“早期分化”与“近期分化”两类材料分开。用 ADMIXTURE（v.1.3.0）进行群体结构分析，最优分群数为 K = 9，结果与系统树高度吻合。综合 PCA、群体结构与系统树，把 215 份材料划分为：早期分化群（group 1）与近期分化群（group 2）并进一步把 group 2 分为野生亚群（group 2-W）与栽培亚群（group 2-C）。这三个亚群展示出LD衰减依次减慢，π 值依次降低，反映驯化过程显著压缩了遗传多样性。
