Q1:细菌/真菌Hi-C与动植物Hi-C的区别?
动物、植物、真菌都是真核生物,染色体具有A/B区室、TAD、loop三维结构;细菌是原核生物,无核无组蛋白,无TAD(有类似的结构,叫做CID),需特殊破壁与高强度交联,实验难度更大,细菌基因组小,分辨率可到1kb。
Q2:细菌Hi-C能否与ATAC-seq技术联用?
细菌几乎没有ATAC的研究,可能是由于开放区域太多。细菌Hi-C通常与RNA-seq联合分析,当有目标转录因子时,也可进行细菌的ChIP-seq研究。