Q1：ChIP-seq结果如果不理想（如峰少、背景高），可能是什么原因？
核心原因包括3点：①抗体特异性差（建议使用ChIP级验证抗体）；②样本量不足或降解，影响富集效果；③实验流程优化不到位（如超声破碎、洗涤强度）。
Q2：Input是什么？有什么作用？
DNA片段化后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分断裂后的染色质做Input对照（不进行免疫沉淀过程）。Input DNA是断裂后的基因组DNA，需要与沉淀后的样本DNA一起经过逆转交联、DNA纯化以及建库测序。通过后续数据分析，可以通过Input对照排除非特异性结合所造成的假阳性Peaks。
Q3：Cut&Tag与Chip-seq比较，区别是什么？
除了技术原理的区别，其它区别如下：
对比维度 | ChIP-seq | CUT&Tag |
起始细胞量 | 高（106-10⁷个细胞） | 低（105个细胞） |
测序量 | 9Gb | 6Gb |
是否需要交联 | 必须交联 | 不是必须交联 |
是否需要超声破碎 | 是 | 否 |
实验周期 | 较长（3-7天） | 短（1-2天） |
费用 | 相对较高 | 相对较低 |
