案例一：Meta Hi-C揭示噬菌体和其宿主之间的相互作用
研究成果：2021年2月，在eLife（IF=10.8）上发表了题为“MetaHiC phage-bacteria infection network reveals active cycling phages of the healthy human gut”的研究论文。本研究通过对10例人类肠道微生物样本进行宏基因组Hi-C与3C分析，创新性地揭示了噬菌体与宿主细菌之间的相互作用关系。研究获得了近150万个高质量的Meta-Hi-C contigs，发现大多数噬菌体具有高度特异性，仅感染单一宿主细菌；同时，近5%的噬菌体群体的测序read覆盖率高于其特定的宿主，这表明这些噬菌体正在积极的分裂。此外，研究成功鉴定了17个crAss-like噬菌体家族成员的序列及其对应的细菌宿主，拓展了我们对人类肠道微生物群组成与多样性的认识，对粪便微生物群移植等临床应用具有重要指导意义。
案例二：Meta Hi-C首次揭示土壤中噬菌体-宿主互作
研究成果：2023年11月，在Nature Communications（IF=14.7）上发表了题为“Hi-C metagenome sequencing reveals soil phage–host interactions”的研究论文。
研究首次将Meta-Hi-C技术应用于土壤体系，结合宏基因组、宏转录组多组学，直接解析噬菌体与细菌宿主的动态关系。研究共鉴定出583条病毒contigs和479个病毒操作分类单元（vOTUs），重构了148个细菌基因组（MAGs），并精准锁定了118对噬菌体-宿主的原位侵染关系。结果表明，土壤干燥显著提高每宿主病毒拷贝数（VPH），同时降低病毒转录活性，直接证明干旱促使噬菌体由裂解型向溶原型转换。进一步分析发现，噬菌体主要侵染群落中的核心枢纽类群，且干旱条件下宿主范围显著扩大，噬菌体倾向于侵染耐旱优势宿主。本研究突破了传统预测方法的局限，实现了土壤中噬菌体-宿主相互作用的原位捕获，揭示了湿度调控病毒生活史转换的关键机制，为土壤微生物组调控及干旱生态响应研究提供了重要理论与方法支撑。
