案例一 转录组和small RNA测序联合分析揭示矮牵牛花形态发育的动态调控机制
An Integrated Analysis of Transcriptome and miRNA Sequencing Provides Insights into the Dynamic Regulations during Flower Morphogenesis in Petunia
研究材料：选取矮牵牛花盛开前5个发育阶段的花蕾（花蕾5cm）进行转录组测序。
研究组学：Small RNA-seq
主要结果：
该研究利用RNA-seq和miRNA测序全面描述了矮牵牛5个花发育阶段的mRNA和miRNA的动态表达谱。大量的候选基因和miRNAs被鉴定出来，表现出时间表达模式的特征。在表达基因中观察到共表达模式，并提示存在新的miRNA-mRNA通路。对DEGs和DEMs的靶基因进行富集分析表明碳水化合物代谢、光合作用、苯丙氨酸代谢和植物激素途径在花发育过程中起着重要作用。这些结果将有助于进一步研究转录因子的特异性、不同发育阶段的基因调控机制以及花形态差异的遗传基础。
案例二 PMS1T 通过产生相位小干扰RNA调控水稻光周期敏感雄性不育
PMS1T, producing phased small-interfering RNAs, regulates photoperiod-sensitive male sterility in rice
研究材料：水稻
研究组学：Map-based Cloning；degradome sequencing；转基因植物构建；sRNA-seq；RNA interference
主要结果：
本研究的主要创新在于纠正了Pms1遗传模式的长期认知偏差，将其由传统认为的隐性遗传修正为不完全显性遗传，并首次鉴定出该位点对应的功能因子为长链非编码RNA（lncRNA）PMS1T。研究进一步揭示了其核心调控机制：PMS1T在长日照条件下受到miR2118介导切割，产生大量21-nt phasiRNAs；其中关键单核苷酸多态性位点（SNP S2）与phasiRNA的差异积累及光敏不育表型密切相关。本研究首次揭示了PMS1T来源phasiRNA参与水稻光周期敏感雄性不育调控的分子机制，并首次将phasiRNA与这一重要农艺性状建立明确联系，为理解植物生殖发育过程中小RNA的生物学功能提供了新的证据。
