Q1:现在所有的物种都能做 T2T 组装吗?
理论上可行,但难度因物种而异。目前人类、拟南芥、果蝇、以及部分纯系小鼠(如 C57BL/6J)的 T2T 基因组已经发布。但对于高杂合度(如野生海洋生物)、高多倍体(如小麦、甘蔗)或超大基因组(如某些两栖动物或裸子植物),要实现完美的 T2T 组装,在算法解析和测序深度上依然面临巨大挑战。
Q2:发高分文章(如 Nature/Science 级别)的 de novo 基因组,现在必须是 T2T 吗?
正在成为隐性标准。随着测序成本下降和算法成熟,顶级期刊对动植物参考基因组的审稿要求越来越严苛。如果物种基因组极其复杂,准 T2T(每条染色体仅剩 1-2 个 gap)也能被接受;但对于常见大小的基因组,缺乏 T2T 级别的数据会降低文章在技术层面的竞争力。