案例一：WGBS+RNA等多组学技术揭示水稻获得性耐冷性的表观遗传跨代遗传机制
研究成果：2025年5月22日，在Cell（IF=64.5）上发表了题为“Inheritance of acquired adaptive cold tolerance in rice through DNA methylation”的研究论文。作者以冷敏感水稻品种KenDao8为材料，创新性设计多代连续冷胁迫筛选实验体系，成功获得了耐冷性显著增强且能够稳定遗传的株系。首先，借助WGBS技术，实现全基因组甲基化单碱基分辨率检测，筛选出关键变异位点——ACT1基因启动子区甲基化缺失。接着通过RNA-seq证实，ACT1表达量与启动子甲基化水平负相关，甲基化缺失可促进其表达。再利用ChIP-seq结合RT-qPCR验证机制：低温下调甲基转移酶MET1b基因表达，导致ACT1启动子甲基化丢失，促进转录因子Dof1结合并激活ACT1，赋予水稻耐冷性。最后通过WGBS分析不同纬度水稻，发现ACT1启动子甲基化呈“南高北低”分布，证实其是水稻北迁冷适应的关键驯化位点。该研究通过多组学联动清晰解析调控机制，创建了作物定向抗逆育种新策略。
案例二：WGBS+RNA-seq技术揭示异常DNA甲基化调控肝细胞癌可变启动子使用的全景机制
研究成果：2022年1月，在Frontiers in Oncology（IF=6.2）上发表了题为“A Genome-Wide Investigation of Effects of Aberrant DNA Methylation on the Usage of Alternative Promoters in Hepatocellular Carcinoma”的研究论文。作者以肝细胞癌（HCC）为研究对象，联合WGBS与RNA-seq技术，全基因组探究异常DNA甲基化对可变启动子使用的影响。通过WGBS检测全基因组甲基化差异、RNA-seq分析基因表达及可变启动子使用情况，共鉴定出855个选择性启动子（APs），这些APs可以很好地区分癌症和正常样本，发现肝癌组织存在广泛异常DNA甲基化，且与APs异常使用密切相关，可调控靶基因表达并参与肝癌发生发展。研究基于相关基因构建了肝癌诊断与生存预测模型，揭示了相关分子机制，丰富了肝癌表观遗传调控理论，为肝癌早期诊断、预后评估及靶向治疗提供了新的分子标志物与思路，具有临床转化意义。
