Q1：哪些物种可以做WGBS？
需满足：①真核生物；②有参考基因组（至少scaffold水平）；③有较完整的基因注释。
Q2：WGBS的比对率为什么比其他项目低？
重亚硫酸盐处理将未甲基化的C转化为T，导致基因组复杂度降低，比对时会产生更多错配位点，因此比对率通常低于常规DNA测序。
Q3：Bisulfite处理后非甲基化C的转化率是多少？如何保证？
成熟的WGBS实验流程能保证非甲基化C的转化率在99.5%以上。质控方法：a.在文库构建过程中加入λDNA作为阴性对照（λDNA不含5mC甲基化）；b.通过比对到λDNA的数据中C碱基未发生C-T转化的比例计算转化率。
Q4：WGBS能检测哪些甲基化类型？
1）核心：5-甲基胞嘧啶（5mC），覆盖CpG、CHG、CHH（非CpG）位点。
限制：无法直接区分5mC与5hmC（羟甲基胞嘧啶），需联合特殊富集方法。
