案例一 蛋白基因组学分析揭示了以亚实性结节形式表现的肺癌的肿瘤发生和进展
Proteogenomic characterization reveals tumorigenesis and progression of lung cancer manifested as subsolid nodules
研究材料：66例手术切除的SSNs（17例AIS、24例MIA、25例IAC）及配对癌旁组织（NATs）。
研究组学：磷酸化修饰组学、糖基化修饰组学、定量蛋白质组学、全外显子测序（WES）
主要结果：
通过整合蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、糖蛋白质组学和基因组学数据，全面揭示了肺腺癌亚实性结节的蛋白质基因组学特征；FGFR3的S408位点磷酸化在AIS中显著上调，并通过激活PI3K-AKT-mTOR通路促进肿瘤增殖；发现胆固醇代谢异常是肺腺癌前驱病变（AIS阶段）的关键分子特征，其中PCSK9通过调控LDL受体降解促进肿瘤发生；ER应激是AIS进展为IAC的标志以及LUAD的药物靶点，靶向ER应激通路是阻断肺腺癌进展的新策略。
案例二 多组学分析解码耐力训练的时间效应
Temporal dynamics ofthe multi-omicresponsetoenduranceexercisetraining
研究材料：雄性和雌性大鼠
研究组学：蛋白质组、磷酸化蛋白组、乙酰化蛋白质组、泛素化蛋白组、转录组、代谢组、脂质组、表观基因组和免疫组
主要结果：
揭示了耐力训练产生的成千上万的共同和特定组织的分子改变,并且在多个组织中发现了性别差异。时间维度的多组学和多组织分析揭示了运动过程中发生的动态适应机制的见解，包括免疫、代谢、应激反应和线粒体途径的广泛调节；此外，还揭示了这些变化与人类健康有关，包括非酒精性脂肪性肝病、炎症性肠病、心血管健康以及组织损伤和恢复。
