Q1: 为什么蛋白修饰组学比常规蛋白质组学更难？
PTM（如磷酸化、乙酰化、泛素化）发生于特定氨基酸残基，丰度极低（亚化学计量级），化学性质多样且许多不稳定，在样品制备、质谱检测和生物信息学分析中易丢失或产生假阳性。
Q2: 蛋白修饰组学与常规蛋白质组学的最大区别是什么？
常规蛋白质组学关注总蛋白表达量，修饰组学需特异性富集修饰位点、区分修饰与非修饰肽，并进行定量分析，否则无法揭示功能调控。
Q3: 为什么质谱碎裂方法（如CID、HCD、ETD）对不同修饰有差异？
CID/HCD易丢失磷酸基团或乙酰化；ETD/ECD适合稳定PTM，但对磷酸化、O-GlcNAc等不稳定基团不友好；需根据修饰类型选择最佳碎裂策略。
