Q1：宏基因组和16S技术主要有哪些区别，这两种产品应该如何选择？
宏基因组和16S的差异：
1) 研究内容：
宏基因组测序是对环境中所有微生物进行全基因组测序，不仅可以研究群落的物种组成，还能分析每个物种的基因功能和差异等；
16S测序是对细菌的16S保守区域进行测序（真菌测18S或ITS信息），可以根据16S/18S/ITS序列的差异性进行物种分析，或者进行群落物种鉴定。也可以进行物种功能预测，但功能预测在功能差异分析中往往结果较差。
2) 覆盖范围：
宏基因组研究理论上可以检测环境中所有生物的基因组信息（包括原核、病毒、真核生物信息），环境中其他DNA污染会影响测序结果；
16S测序过程首先对目的区域进行扩增，只针对细菌（18S/ITS针对真菌）进行研究，测序过程受其他物种DNA影响较小。
3) 测序策略
宏基因组建库片段大小在300 bp左右，不需要完全测通，目前多采用PE150测序；16S测序策略依据目的片段大小而定，需要对目的片段完全测通，一般选择PE250或PE300测序；目的片段更长的需要选择三代单分子测序。
Q2：如果存在较大的宿主污染，且没有宿主基因组的参考序列，可以进行宏基因组测序吗？
不可以，可用的数据量会很少，会对最后的分析结果造成很大影响。如果在提取的过程，宿主基因组的污染量很少，后期的数据分析还是可用的，但会存在风险。
