案例一 比较转录组分析揭示了两种平菇对镉胁迫的差异反应:姬菇和平菇
Comparative transcriptome analysis reveals the differential response to cadmium stress of two Pleurotus fungi: Pleurotus cornucopiae and Pleurotus ostreatus
研究材料:12个组织=姬菇/平菇 * 2个处理 * 3个生物学重复
研究组学:Illumina Novaseq PE150 Ten(~47-55M reads/样品)
主要结果:
差异分析:与平菇相比,姬菇对Cd胁迫更为敏感
GO富集:平菇相较于姬菇来说,“MF”中与催化活性相关的本体被富集到的更多。
讨论:MAPK信号通路在两种真菌中似乎介导了Cd的解毒作用,而过氧化物酶体途径在平菇中可能作为planB。

案例二 F2代雌性中国鲟(Acipenser sinensis)在不同花生四烯酸饮食下的转录组和脂质组分析
Transcriptome and lipidomics profiling of F2 generation female Chinese sturgeon (Acipenser sinensis) in response to different arachidonic acid diets
研究材料:4种ARA饲养条件*3生物学重复
研究组学:Illumina HiSeq X Ten(1upg/卵巢)+ 脂质组(血清)
主要结果:
多差异组的差异分析转录物:在卵巢中富集到了一些与类固醇生成有关的基因,可借此影响鱼的性别
WGCNA分析划分七个亚群,这七个亚群与脂质组代谢物产物的相关性
候选基因FOXP3和FOXJ3
