Q1: 全长转录组不同取样方式分别对应哪些研究目的？
单个组织取样适合聚焦该组织的全长转录本特征分析；
多个组织等量 RNA 混合测序，可高效获取该物种尽可能完整的全长转录本集；
多个组织分别取样测序，可用于不同组织、不同处理条件下的转录本结构与表达差异比较分析。
Q2: 全长转录组如何帮助完善和修正基因组注释？
全长转录组通过将测得的完整转录本序列与基因组序列精准比对，可直接呈现转录本的完整结构，包括准确的外显子‑内含子边界、5ʹ和 3ʹUTR、可变剪接模式及 poly (A) 位点，能够有效避免二代短读长因拼接错误造成的基因结构误判，可精确识别新基因、新外显子与新转录本异构体，修正原有注释中错误的基因边界、合并或拆分错误注释的基因模型，从而显著提升基因组注释的完整性、准确性与可靠性。
Q3: 如何区分是“新转录本”还是“测序/组装错误”？
多条独立reads支持，避免单条read的偶然错误；（2）在基因组上有唯一合理的比对位置，排除因比对到重复序列或错误位点导致的假阳性；（3）若为编码转录本，需具有完整的开放阅读框或已知结构域；（4） 在生物学重复中可再现该转录本，验证结果的可靠性。
Q4: 原核生物是否有必要做全长转录组？
标准的真核全长转录组建库方法依赖oligo(dT)引物与poly(A)尾结合来起始反转录和捕获完整mRNA，暂不支持原核物种的测序。同时，原核生物基因结构相对简单，缺乏内含子，很少发生复杂的可变剪接。其转录组复杂性远低于真核生物，二代短读长RNA-seq技术成熟，成本低，通量高，足以满足原核生物转录组分析需求。
