案例一 利用Iso-seq和RNA-seq数据对中甸叶须鱼进行转录组注释
Transcriptomic annotation of the Chungtien schizothoracin (Ptychobarbus chungtienensis) using Iso-seq and RNA-seq data
研究材料：中甸叶须鱼的五个不同器官(心脏、肝脏、脾脏、肾脏和大脑)
研究组学：Iso-seq+RNA-seq
主要结果：
进行PacBio Iso-seq和RNA-seq分析，获得了16598个全长转录本，长度从363bp到7157bp不等。基因家族聚类和系统发育分析涵盖了13种鱼类，全部为鲤科，包括斑马鱼和所研究的种。长链非编码rna(lncrna)和编码序列的鉴定在所有五种组织中都完成了。综合分析上述5种组织的基因表达谱和差异表达基因。综上所述，所获得的中甸叶须鱼组织的全长转录本和详细的基因表达谱提供了重要的表达数据和基因序列，为今后的研究奠定了基础，并促进了对中甸叶须鱼在各种条件下的内在适应机制的整体理解。
案例二 全长转录组测序揭示了葡萄根在寒冷诱导下的选择性剪接
SMRT sequencing of a full-length transcriptome reveals cold inducedalternative splicing in Vitis amurensis root
研究材料：山葡萄
研究组学：Iso-seq+RNA-seq
主要结果：
研究探讨了极端耐寒的野生葡萄品种V. amurensis在低温胁迫下的可变剪接（AS）情况。通过对V. amurensis根部在0、2和24小时冷处理后的全长转录组和RNA测序数据进行分析，我们识别了221,170个高质量的全长非串联重复（FLNC）读段。共鉴定出16,181个位点和30,733个异构体，包括来自已知基因的22,868个新异构体和来自2389个新基因的2815个异构体。在这些新异构体中，我们发现了673个长非编码RNA（LncRNAs）和18,164个新开放阅读框（ORF）区域。共有2958个基因产生了8797个AS事件，其中189个基因参与了低温响应。研究发现12个转录因子在冷处理期间表现出AS，其中VaMYB108被选为初步探索对象。VaMYB108有两种转录本，VaMYB108short和VaMYB108normal，它们在冷处理后表达上调，并且都定位于细胞核。只有VaMYB108normal表现出转录激活活性。过表达VaMYB108short或VaMYB108normal都能增加另一种转录本的表达，并增强了V. amurensis根部的冷胁迫抗性。这些结果不仅改进和补充了基因组注释，还为进一步研究V. amurensis在冷胁迫下AS机制提供了见解。
